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Kira lebt zusammen mit seinen beiden Freunden Yuika und Inaba eigentlich ein ganz normales Leben, bis auf die Tatsache, daß er sehr oft von Alpträumen geplagt wird und über besondere Kräfte verfügt. In den Alpträumen sieht er immer Teile seiner Kindheit, ein brennendes Gebäude und einen Jungen mit dunklen Haaren und goldenen Augen, der ihn rettet. Sie wurden getrennt als Kira 2 Jahre alt war. Er kam dann zu einer Pflegefamilie. Sui wuchs derzeit bei Mr. Mitsuki auf, der ihn sehr streng aufgenommen hat. Sui setzt nun schon seit einer ganzen Zeit alles daran seinen Bruder zu finden.
Im ersten Kapitel entflieht einer der Testpersonen der Rosen Kreuz Secret Society und macht sich auf die Suche nach Kira, um sich mit diesem zu vereinigen und so Kiras Macht zu erlangen. Zu diesem Zweck entführt er Kira, jedoch hat er nicht mit dessen Freunden gerechnet, die den vermeidlichen Entführer verfolgen. Die Verfolgungsjagd durch die Stadt endet in einem Unfall, bei dem Yuika und Inaba fast sterben, jedoch von Kira gerettet werden, der ihnen einen Teil seiner Macht gibt. 

Während die beiden sehr schnell wieder auf die Beine kommen, muss Kira längere zeit im Krankenhaus bleiben. Bei seiner Rettungsaktion, wanderten die Kräfte nun auf Inaba und Yuika über, Kira hat sie verloren.

Der Salamanda gibt jedoch nicht auf, und es gelingt ihm Kira erneut zu entführen, diesmal wird dieser jedoch von Sui gerettet. So treffen sich die Brüder nach über 10 Jahren das erste Mal wieder.
Das 2. Kapitel im ersten Band ist mehr eine Sidestory, und erzählt die Geschichte eines deutschen Pianisten, dessen Freundin von Sui getötet wurde. Um sich zu rächen benutzt er Kira, doch diesmal gelingt es Inaba und Yuika ihren Freund zu helfen.
Erst im dritten Kapitel fängt die Handlung richtig an. Sui beginnt seinen Rachefeldzug gegen Mitsuki in die tat umzusetzen. Dies hat für Kira und seine Freunde schwerwiegende Folgen, besonders für Yuika. Kira durchläuft außerdem eine merkwürdige Wandlung...
Außerdem taucht eine weitere Person auf Shinbu-san, welcher Yukia und Inaba bei Problemen hilft und seinen eigenen Plänen folgt...